หน้ากากอนามัยเป็นชนิดที่ใช้แล้วทิ้ง ห้ามซักแล้วนำกลับมาใช้ใหม่ ไม่ว่าจะเป็นหน้ากากอนามัยที่มาจากผู้ป่วย หรือหน้ากากอนามัยที่เกิดจากบุคลากรทางการแพทย์ที่ต้องตรวจวินิจฉัย รักษาโรค ชันสูตร ฯลฯ ก็ตาม ถือได้ว่าเป็นขยะติดเชื้อ เพราะเป็นขยะที่มีเชื้อโรคปะปนอยู่จึงจำเป็นต้องทิ้งในถังขยะติดเชื้อและกำจัดตามกฎกระทรวงว่าด้วยการกำจัดมูลฝอยติดเชื้อ พ.ศ.2545
อย่างไรก็ตามหน้ากากอนามัยที่เป็นขยะติดเชื้อนั้น หากจัดการไม่ถูกต้องจะส่งผลกระทบต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อม ซึ่งเป็นแหล่งของเชื้อก่อโรค โดยเฉพาะเชื้อโรคที่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่า ได้แก่ แบคทีเรีย ไวรัส เชื้อราบางชนิด ปรสิตบางชนิด ซึ่งจะเจริญเติบโตและก่อโรคแก่ผู้ที่ไปสัมผัส ดังนั้นควรเปลี่ยนหน้ากากอนามัยทุก ๆ 6 – 8 ชั่วโมง เมื่อหน้ากากเปียกชื้น สกปรก หรือเมื่อออกจากสถานที่เสี่ยง/แออัด และควรทิ้งหน้ากากอนามัยอย่างถูกต้องทุกครั้งหลังใช้โดยทิ้งในถังขยะที่มีฝาปิด กรณีใช้ในโรงพยาบาลให้ทิ้งในถังขยะติดเชื้อและกำจัดตามกฎกระทรวงว่าด้วยการกำจัดมูลฝอยติดเชื้อ พ.ศ.2545 สำหรับหน้ากากผ้าให้ซักทุกวันด้วยสบู่หรือผงซักฟอกและตากแดดให้แห้ง พร้อมทั้งล้างมือให้สะอาดด้วยสบู่และน้ำทุกครั้ง
